STUDI PERBANDINGAN KODE BATANG DNA INTI DAN KLOROPLAS PADA Heliconia sp. IN SILICO

Abstract

Heliconia merupakan tanaman pisang hias yang banyak dibudidayakan di daerah tropis. Keberadaan Heliconia di Indonesia memiliki kemelimpahan tinggi yang menjadikan tanaman tersebut berpotensi untuk bersaing di pasar bunga Internasional. Heliconia merupakan kelompok tumbuhan belum banyak dipelajari karakter molekulernya, sehingga perlu diperhatikan karena memiliki keterkaitan dengan pentingnya upaya konservasi dan pemuliaan plasma nutfahnya. DNA barcoding dapat digunakan sebagai yang efektif dalam mendeterminansi spesies. Metode yang dilakukan merupakan studi in silico menggunakan database Genbank (NCBI). Sekuen DNA yang dikoleksi dari database pada NCBI yaitu terdiri dari region inti sel dan plastida, yakni rbcL, matK, ITS, psbA dan trnL. Analisis data penyejajaran sekuen, identifikasi sekuen yang berpotensi sebagai barcode dan konstruksi pohon filogenetik dilakukan dengan menggunakan MEGA X. Analisis bioinformatik pohon filogenetik Heliconia menunjukkan bahwa hasil algoritma UPGMA Tree menggunakan gen matK dan rbcL sekuen parsial sangat konservatif dan gagal dalam diskriminasi spesies, sedangkan region ITS memiliki tingkat variasi genetik tinggi dan kemampuan diskriminasi yang baik. Region psbA dan trnL dianggap sebagai gen pelengkap untuk identifikasi tumbuhan khususnya Heliconia, karena kurangnya ketersediaan aksesi online untuk spesies-spesies tumbuhan.